have been to と have been in

(1) Have you been in New York before? 

(2) Have you been to New York before?

この違いは、今 New York にいるかどうかです。

だって、New York にいる人の会話として、

(2) はおかしいですもの。

「ニューヨークに行ったことはありますか？」

ってニューヨークはここですから。

(1)の訳として

「ニューヨークに来たことはありますか？」

ですかね。

ここで大切なのは、「行く」「来る」の

日本語の単語ではなく、

今そこにいるかどうかです。

ちなみに、been in は経験でも継続でもOKです。

(3) I have been in New York for two years.

これは、「東京に２年間います。」

ということです。そして、今も東京に居ます。

(4) *I have been to New York for two years.

これはおかしいですね。

「ニューヨークに行ったことがあります」

というのと動作と

「２年間」

という期間がぶつかっています。

２年間住んでいるといいたいなら、

have lived / have been living を使いましょう。